1- تصميم الآلات الزراعية: يتم التصميم والتطوير من قبل عدد قليل من المهندسين المتخصصين في التصميم الزراعي، لذا يُعد من التحديات الرئيسية أن يكون تصميم الآلات بطريقة تلائم احتياجات المزارعين المختلفة.
2- انفجار التكنولوجيا: تحدث التكنولوجيا بمعدل سريع، مما يتطلب تواكب هندسة الآلات الزراعية لضمان استخدام أحدث المعالجات والبرامج.
3- التغيرات المناخية: يؤثر التغير المناخي في نوعية التربة والتطورات الزراعية، مما يعني أن الآلات الزراعية يجب تكييفها لتلائم هذه التغيرات وتسهيل عمل المزارعين.
4- التكلفة: يذهب العديد من المزارعين إلى شراء آلات زراعية معينة لكنهم لا يستطيعون تحمل كافة التكاليف، مما يعني أن تصميم الآلات يجب أن يكون بحيث تكون باهتمام بتكاليف الإنتاج.
5- قلة توفر قطع الغيار: قد تتعطل الآلات الزراعية في وقت غير متوقع، ويكون من الصعب الحصول على القطع الغيار الصحيحة. يجب على هندسة الآلات الزراعية إيجاد حلول لهذا المشكلة والوفاء بحاجات المزارعين.