يواجه نظام التحكم الآلي عدة تحديات وأهمها:
1. التعقيد: يعتبر التعقيد واحدًا من أكبر التحديات التي تواجه نظام التحكم الآلي، حيث تكون العمليات والإجراءات متشابكة وهناك العديد من المتغيرات التي يجب مراقبتها بدقة.
2. عدم الاستقرار: يتعرض نظام التحكم الآلي للتغيرات والتقلبات في ظروف العمل، مما يؤثر على أدائه وقدرته على الاستجابة بشكل سريع.
3. الأمان: يجب أن يتم حماية نظام التحكم الآلي من أي تهديدات أمنية أو هجمات إلكترونية من قبل المتسللين.
4. الصيانة: يتطلب نظام التحكم الآلي صيانة وإصلاح دوريين للحفاظ على أدائه وموثوقيته.
5. البيئة: يجب أن يتم التعامل مع المتغيرات في البيئة الخارجية التي تؤثر على النظام مثل درجة الحرارة والرطوبة والاهتزازات والإشعاع والتلوث الجوي.