تواجه منظمة التجارة العالمية عدة تحديات في التجارة الحرة، ومن أهم هذه التحديات:
1- تصاعد الحمائية: إذ يلجأ بعض الدول إلى فرض رسوم جمركية وحواجز تجارية على مستوى الحدود لحماية اقتصاداتها المحلية، مما يعرقل الحركة التجارية ويؤثر على التجارة الحرة.
2- تفاوت القدرات الاقتصادية: إذ يعاني بعض الدول من ضعف البنية التحتية والمؤسسات الحكومية وقدراتهم الاقتصادية، مما يزيد من صعوبة الدخول في السوق الدولية وتحقيق التجارة المواتية.
3- التنافس الشديد: إذ تواجه الشركات في الدول المتقدمة منافسة شديدة من الشركات الصينية والهندية والبرازيلية والروسية، مما يؤثر على أدائها التجاري ويزيد من الضغط على المنظمة العالمية للتجارة.
4- الظروف الجيوسياسية العالمية: إذ تواجه المنظمة التجارة العالمية تحديات كثيرة في الأوضاع الجيوسياسية العالمية، مثل التوترات السياسية والنزاعات الدبلوماسية، والأزمات الاقتصادية والبيئية، والأحداث الإرهابية والحروب.