تواجه قوات الدفاع الجوي في علوم الدفاع العسكري العديد من التحديات، منها:
1- التكنولوجيا المتقدمة: يتطور العالم التكنولوجيا بمعدل سريع ويجب على قوات الدفاع الجوي الإلمام بأحدث التقنيات لتسليح المنظومات الدفاعية الجوية.
2- التنسيق والتعاون: يتطلب نجاح قوات الدفاع الجوي التنسيق والتعاون مع قوات الدفاع الأخرى والجهات الحكومية المختلفة.
3- الإدارة والتدريب: يجب على قوات الدفاع الجوي الاهتمام بتوفير إدارة وتدريب جيد للموارد البشرية لديها، وبالتالي تحسين قدرتها على تنفيذ المهام الدفاعية.
4- التهديدات النووية والكيميائية: تتزايد التهديدات النووية والكيميائية على المستوى الدولي، مما يشكل تحديًا كبيرًا لقوات الدفاع الجوي لتحديد وإيقاف الهجمات.
5- الانتقالية الجيوسياسية: تتغير الأوضاع الجيوسياسية في المنطقة والعالم بصورة سريعة، مما يزيد من التحديات التي تواجهها قوات الدفاع الجوي.