علم البيئة الجليدية يواجه العديد من التحديات، بما في ذلك:
1- الصعوبة في الوصول إلى المناطق القطبية النائية والبعيدة.
2- مشاكل تنقيح الهواء والتأثير السلبي على الطبيعة.
3- عدم وجود معلومات كافية حول بعض الأنواع الحيوانية والنباتية التي تعيش في المناطق القطبية.
4- تغيرات المناخ وتأثيرها على الجليد والمحيطات.
5- صعوبة في قياس ومراقبة العوامل البيئية في المناطق القطبية بفعل الظروف المناخية الصعبة والصقيع.
6- تدخل البشر وأثرهم على البيئة والحياة البرية في المناطق القطبية.
7- عدم الاستدامة وعدم الحفاظ على البيئة القطبية للأجيال المقبلة.