تحديات دراسة الأحياء البحرية العميقة تشمل:
1- انعدام الضوء: تحت الماء العميق، لا يصل الضوء بكميات كافية لدعم النمو النباتي، وبالتالي يواجه الكائنات البحرية في هذه المناطق صعوبة في الحصول على الطعام، وتعتمد بشكل أساسي على الكائنات الدقيقة للبقاء على قيد الحياة.
2- الضغط: تحت الماء العميق، يزداد الضغط بشكل كبير، حيث يمتلك الماء الكثافة العالية، مما يجعل الظروف صعبة للغاية للحيوانات الكبرى التي تحتاج إلى أكسجين للبقاء على قيد الحياة.
3- التوافق عالي للحياة: يحوي المحيط العميق على بيئات متفردة ومعزولة بشكل كبير، وانظمة بيئية معقدة، وكائنات حية تنافس بشكل شديد على الموارد المحدودة.
4- التنقل: تحت الماء العميق، يحد من التنقل الى الوحدات المختلفة، سواء بسبب الضغط أو صعوبة اكتشاف بعض المواقع، و شدة الظروف المحيطة بالحيوانات في تلك البيئة.
5- الوصول: في الغالب يحتاج العلماء إلى استخدام الغواصات العميقة، والمعدات المتطورة للغاية للوصول إلى العمق وجمع العينات واستخلاص البيانات، مما يزيد التكاليف والصعوبات التي يمكن أن يواجهوها.