تواجه اتفاقات التجارة الحرة العديد من التحديات، بما في ذلك:
1- التحديات السياسية: يمكن أن يتسبب الجدل السياسي المحيط بالاتفاقيات التجارية الحرة في عرقلة تنفيذها، ويمكن أن يؤدي إلى تأخير الاتفاقات أو إلغاءها تماما.
2- الحواجز العوائدية: تواجه الشركات والمستهلكين عوائد مرتفعة وضرائب ورسوم ادخار من خلال إدارة حواجز التجارة التي تفرضها البلدان الأخرى.
3- الفروق الثقافية واللغوية: قد يتعذر التفاهم على المفردات والأساليب المستخدمة في الاتفاقات التجارية بسبب الثقافات المختلفة واللغات.
4- السياسات الحمائية: تستخدم بعض الحكومات السياسات التجارية الحمائية التي تعوق التجارة الحرة وتعزز حماية المصالح الوطنية.
5- البيئة العالمية: يجب أن تأخذ الاتفاقات التجارية الحرة في الاعتبار مجمل التأثيرات البيئية على جميع مستويات الإنتاج والتصنيع.
6- تغيير حقوق الملكية الفكرية: قد تتضمن الاتفاقات التجارية الحرة خلافات حول مسائل الملكية الفكرية، مما يؤدي في بعض الأحيان إلى صراعات قانونية وتنفيذات استقلابية.
7- ممارسات العمالة: تزداد المطالبات بتوفير بيئة عمل فعالة وأخلاقية وصحية للعاملين في الصناعة عند التصدي لممارسات العمالة السيئة والعمل القسري.
8- السيطرة على الإمدادات: يعد تنفيذ نظام المراقبة العالمي للإمدادات عاملاً مهماً في تطبيق اتفاقات التجارة الحرة وتطوير الإطار العام للتجارة العادلة.