هناك عدة تحديات تواجه المهندس الإلكتروني في تصميم دوائر الإلكترونيات، ومن أهمها:
1- التغيرات في تقنيات الإنتاج والتصنيع: حيث يتطلب تطور التكنولوجيا تطوير طريقة التصميم والإنتاج لتوفير أداء أفضل وتكلفة أقل.
2- المشاكل الكهرومغناطيسية: حيث تشكل المشكلات الكهرومغناطيسية هاجساً للمهندسين الإلكترونيين في تصميم دوائر الإلكترونيات، فالحقول الكهرومغناطيسية المنبعثة مثل تلك الناجمة عن أجهزة الاتصالات والأجهزة الطبية والأجهزة الإلكترونية الأخرى يمكن أن تؤثر على أداء الدوائر الإلكترونية.
3- التحكم في حجم الدوائر الإلكترونية: حيث يعتبر السيطرة على حجم الدوائر الإلكترونية من أهم التحديات التي يواجها المهندس الإلكتروني، حيث يحتاج المهندس إلى توفير القدرة الكهربائية المناسبة وشحنات البيانات بين الأجزاء الإلكترونية بحيث يكون حجم الدوائر صغيراً وفعالاً من الناحية التكلفة.
4- الاعتماد على التقنيات الجديدة: حيث يحتاج المهندس إلى الاعتماد على التقنيات الجديدة التي توفر أداءً أفضل وتكلفةً أقل، ولكن في نفس الوقت عليه أن يكون حذراً في استخدام هذه التقنيات نظراً لفشلها المحتمل في المستقبل.