تواجه العدالة الدولية في مجال محاكمة الجرائم ضد الإنسانية العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- الصعوبة في تحديد المسؤولية الفردية: حيث يصعب تحديد المسؤولية الفردية في بعض الحالات، وخاصةً في الجرائم التي ترتكب بأمر من الدولة.
2- عدم التعاون من بعض الدول: فبعض الدول قد ترفض التعاون في تسليم المتهمين للمحكمة الجنائية الدولية أو في تقديم المعلومات الضرورية للتحقيق.
3- العدمية والتحيز السياسي: حيث تتعرض المحاكم الدولية للتحيز السياسي أحيانًا، وتستخدم بعض الدول هذه المحاكم لتحقيق أهداف سياسية.
4- الصعوبات المالية: فتتطلب محاكمة الجرائم ضد الإنسانية توفير موارد مالية كبيرة لتمويل التحقيقات والمحاكمات، وهذا يشكل تحديًا أمام العدالة الدولية.
5- الضغوط الدولية والمحلية: حيث يمكن للضغوط الدولية والمحلية أن تؤثر على عمل المحاكم الدولية وتحد من قدرتها على تقديم العدالة.