تواجه الصحافة العلمية في عصر الإعلام الجديد العديد من التحديات، منها:
1- القدرة على التعامل مع الكم الهائل من المعلومات المتاحة على الإنترنت وتقديم المعلومات الصحيحة والموثوقة.
2- تغير سريع في وسائل الإعلام والتقنيات المستخدمة في النشر والتواصل، مما يتطلب استخدام الصحفيين للأدوات التكنولوجية الجديدة والمتطورة والتي تسمح بإنتاج محتوى متميز.
3- ضغوط الوقت والحاجة للتحليل والتفسير السريع للحدث ونقل المعلومات بسرعة ودقة.
4- القدرة على جذب الجمهور وتوسيع القاعدة الجماهيرية والرقمية عن طريق استخدام وتطوير الإستراتيجيات الصحفية الرائدة لتحقيق هذا الهدف.
للتغلب على هذه التحديات وتعزيز دور الصحافة العلمية في عصر الإعلام الجديد، يتطلب من الصحفيين العلميين الإلمام بأحدث التقنيات والأدوات التكنولوجية وتوجيه الاهتمام لتطوير المهارات اللازمة لذلك، فضلاً عن التقنين العالي من جانب الصحف المتخصصة في هذا المجال.