تحديات الجغرافيا البيئية تتضمن:
1- التغير المناخي: يتسبب التغير المناخي في زيادة درجات الحرارة وزيادة التساقط الجوي وارتفاع مستوى البحر وتأثيرات أخرى تؤثر في نظام البيئة الطبيعي.
2- التلوث البيئي: يشمل التلوث الهوائي والتلوث المائي والتلوث الصوتي والتلوث الكيميائي والنفايات الصلبة والخطرة وأضرار أخرى.
3- الاستنزاف الحيواني: يتسبب في نضوب الموارد الحيوانية الطبيعية مثل موارد المياه والتربة والحيوانات والنباتات والغابات.
4- الزيادة السكانية: يزداد الطلب على الموارد الطبيعية مع زيادة العدد السكاني ويتعارض ذلك مع حفاظ البيئة على مواردها الطبيعية.
5- تدمير البيئة: يتسبب وجود المنشآت البشرية مثل المصانع والطرق والجسور والاسواق في تدمير البيئة وتؤثر سلباً على الحياة البرية والنظام البيئي.
6- ضعف إدارات البيئة: يجب أن تتوافر إدارات البيئة الفاعلة للحفاظ على الطبيعة وإدارة الموارد الطبيعية بشكل فعال وتعتبر هذه الإدارات من التحديات التي تواجه الجغرافيا البيئية.