تواجه التلسكوبات الفضائية في الفضاء العديد من التحديات، بما في ذلك:
1- الاعتراض من قبل الضوء والإشعاع الشمسي: يمكن للضوء والإشعاع الشمسي أن يؤثر على الكاميرات والأدوات داخل التلسكوب ويؤدي إلى تداخل البيانات.
2- التغيرات في درجة الحرارة: نظراً للتغيرات في درجة الحرارة الموجود في الفضاء الخارجي، أحياناً يصبح صعباً تغيير درجة حرارة أدوات التلسكوب بسرعة، مما يعرض الأدوات لخطر التلف.
3- تأثير الجاذبية: يمكن لوجود الأجسام الفضائية الكبيرة بالقرب من التلسكوب أن يؤثر على أداء التلسكوب.
4- التغيرات في البيئة الفضائية: تواجه التلسكوبات في الفضاء التحديات الزمنية في تطوير التكنولوجيا اللازمة لمواكبة التغيرات الدائمة في بيئة الفضاء، مثل المذنبات والكويكبات الجديدة التي تظهر في الفضاء.