تواجه التجارة الحرة العديد من التحديات في الوقت الحالي، ومن أهمها:
1- تزايد الحمائية التجارية: حيث يعتبر العديد من الدول الآن بتبني سياسات حمائية لحماية الصناعات المحلية وتقليل التبادل التجاري مع الدول الأخرى.
2- تزايد العوائق التجارية: حيث تفرض الدول العديد من القيود والحواجز التجارية على بعض المنتجات الأجنبية، مما يزيد من تكلفة الواردات ويقلل من فرص التصدير.
3- الإرهاب والأزمات السياسية: حيث يؤثر الإرهاب والنزاعات السياسية على التجارة الحرة ويزيد من تكلفة الشحن والتصدير.
4- تغير المناخ: حيث يسبب تغير المناخ في العديد من الأضرار الطبيعية الخطيرة التي تؤثر على الإنتاج والتجارة العالمية.
5- تغير التكنولوجيا: حيث يؤدي التطور التكنولوجي إلى تغييرات كبيرة في طريقة الإنتاج والتجارة، ويتطلب ذلك الكثير من التكيف والتغيير في الطريقة التي يتم من خلالها التجارة.