تواجه البلدان العديد من التحديات عند إدارة مواردها المائية للتجارة الدولية، ومن أهم هذه التحديات:
1. توفير كميات كافية من المياه العذبة لتلبية احتياجات السكان والصناعة والزراعة والتجارة، وفي نفس الوقت تلبية الاحتياجات المتزايدة للتجارة الدولية.
2. إدارة الري بشكل فعال والتحكم في التلوث بالمياه العذبة والبحرية من خلال استخدام تقنيات مبتكرة ومراقبة دقيقة لجودة المياه.
3. تحديد سياسات وإجراءات تنظيمية لتوزيع المياه بين الدول، وتحديد الأولويات وأسعار المياه بشكل عادل ومنصف.
4. زيادة فهم الآثار الاجتماعية والاقتصادية والبيئية لتجارة المياه الدولية، والتفاعل مع الأعراف والتقاليد والأنظمة القانونية المختلفة.
5. تطوير التكنولوجيا والابتكار في استخدام المياه وتحسين تكنولوجيا الري وتحلية المياه.
6. تفادي التأثيرات البيئية والاجتماعية السلبية لتجارة المياه الدولية، وضمان دور المشاركة المجتمعية والشفافية في إدارة الموارد المائية.
7. التعاون الدولي والشراكة في مجال إدارة الموارد المائية وتجارة المياه، والاستفادة من الخبرات والمعرفة المشتركة لتحسين إدارة المياه بشكل عام.