تواجه الإدارة الوسطى العديد من التحديات في العمل مع الإدارة العليا والإدارة السفلى، ومن أهم هذه التحديات:
1- الإدارة العليا: تتميز الإدارة العليا بالتركيز على رؤية استراتيجية للمؤسسة، وعلى تحديد الأهداف الرئيسية والسياسات العامة التي توجه عمل الإدارة، وقد تواجه الإدارة الوسطى صعوبة في فهم هذه الرؤية وترجمتها إلى أهداف وخطط عمل ملموسة.
2- الإدارة السفلى: تتميز الإدارة السفلى بالتركيز على تنفيذ الأهداف والسياسات التي حددتها الإدارة العليا، وقد يواجه الإدارة الوسطى صعوبة في التعامل مع مشاكل الإدارة السفلى وتحقيق التناغم معها.
3- الاتصال: تتطلب العملية الإدارية الفعالة والناجحة وجود ترتيبات جيدة للاتصال بين الإدارات المختلفة، وقد يواجه الإدارة الوسطى صعوبة في ضمان وجود تدفق مستمر للمعلومات وتبادل المعرفة بشكل فعال بين الإدارات المختلفة.
4- العمل الجماعي: تتطلب الإدارة الوسطى القدرة على العمل بشكل فعال مع الإدارات المختلفة وتحقيق التناغم بينهما لتحقيق الأهداف الرئيسية للمؤسسة، وقد يواجه الإدارة الوسطى صعوبة في تحقيق العمل الجماعي بسبب اختلاف الصالحيات والأولويات والاهتمامات المختلفة لكل إدارة.