تواجه الأنظمة الهيدرولوجية الجوفية المائية عدة تحديات، من بينها:
1. نقص المياه الجوفية: قد يحدث تراجع في منسوب المياه الجوفية نتيجة للاستخدام المفرط للمياه في الزراعة أو الصناعة أو الاستهلاك المنزلي.
2. تلوث المياه الجوفية: قد يحدث تلوث للمياه الجوفية من مصادر مختلفة مثل التسربات الكيميائية من المصانع أو التلوث الزراعي من استخدام المبيدات الحشرية والأسمدة الكيميائية.
3. تغير المناخ: يمكن أن يؤثر التغير المناخي على النظام الهيدرولوجي الجوفي من خلال زيادة التبخر وتغير نمط التساقط المطري، مما يؤدي إلى تغيرات في توافر المياه الجوفية.
4. إدارة الموارد المائية: قد تواجه الأنظمة الهيدرولوجية الجوفية تحديات في إدارة الموارد المائية بشكل فعال، مثل تحديد التراخيص للاستخدام المستدام للمياه الجوفية والتنبؤ بالطلب المستقبلي على المياه.
5. توزيع غير متوازن: قد يحدث توزيع غير متوازن للمياه الجوفية حيث تكون بعض المناطق في حاجة إلى مزيد من المياه الجوفية بينما يعاني البعض الآخر من زيادة في المياه الجوفية.
6. التحديات القانونية والسياسية: قد تواجه الأنظمة الهيدرولوجية الجوفية تحديات في تنفيذ السياسات والقوانين المتعلقة بإدارة المياه الجوفية وحمايتها وتوزيعها بشكل عادل.