تواجه الأحياء البحرية العديد من التحديات في تكوين البيئات البحرية الجديدة، وهي:
1- نقص الموارد الغذائية: يعاني الأحياء البحرية الموجودة في الأماكن التي تم تشكيلها حديثاً من نقص الموارد الغذائية، وذلك بسبب عدم استقرار النظام البيئي وضعف التكيف.
2- النواتج النفايات: قد يؤدي إعادة تشكيل بيئة البحر إلى توليد النواتج النفايات التي تعيق نمو الأحياء البحرية وتصيبها بالأمراض.
3- تلوث المياه: يعرف العلماء بأن التلوث البيئي مشكلة كبيرة تطرح تهديداً على صحة الحيوانات البحرية، وتعمل على إبادة الرتب الغذائية وهذا يمكن أن يخلق مناطق بحرية جديدة بالكامل ضعيفة الجودة والتعقيد.
4- التغيرات المناخية: يؤدي الارتفاع في درجات الحرارة والتغيرات المناخية إلى تغيرات واسعة النطاق في النظم الإيكولوجية للبحر. وهذا يؤدي إلى استجابات سلبية للأحياء البحرية.
5- التطوير المشترك: يواجه العلماء التحدي في استعادة النظام البيئي الطبيعي أثناء عملية التطوير المشترك للأحياء البحرية بين الجهات الحكومية والخاصة، وهذا يتطلب تنسيقاً جيداً وتزامناً مع البيئات الصناعية.