تواجه إدارة الوسطى العديد من التحديات، منها:
1. الرقابة المالية والميزانية الضيقة: يعاني الوسطى من تحديات مالية بسبب ضيق الميزانية، الأمر الذي يعوق إنجاز المشاريع وتصميم البرامج اللازمة لتطوير المنطقة.
2. البنية التحتية الضعيفة: تعاني الوسطى من بنية تحتية ضعيفة، مما يجعل من الصعب تقديم الخدمات الأساسية للسكان، مثل الماء والصرف الصحي والكهرباء وغيرها.
3. الأمن: يعاني الوسطى من مشاكل أمنية بسبب النزاعات العرقية والدينية، وتواجد المتمردين والجماعات المسلحة في بعض المناطق.
4. نقص الخدمات الصحية: تعاني الوسطى من نقص حاد في الخدمات الصحية الأساسية، وخاصة في المناطق النائية والمنكوبة.
5. التحديات البيئية: تشهد الوسطى تحديات كبيرة بسبب الاحتباس الحراري وتغير المناخ، والتي تؤدي إلى تدهور البيئة والأراضي والموارد الطبيعية في المنطقة.