تواجه مصر العديد من التحديات في إدارة الموارد المائية، ومن أهمها:
1- الندرة المائية: حيث تمتلك مصر موارد مائية محدودة بسبب قلة الأمطار، وتعاني من زيادة في الطلب على المياه نتيجة لزيادة السكان والتنمية الاقتصادية.
2- التلوث البيئي: يعتبر التلوث أحد التحديات الرئيسية في مصر حيث يتم رمي النفايات الصلبة والسوائل الخطرة في مصارف المياه ويسبب تغيير في جودة المياه مما ينعكس سلبًا على المحاصيل الزراعية وصحة الإنسان.
3- الإدارة الضعيفة: يعاني قطاع المياه في مصر من نقص في الخبرات الفنية والعلمية ونقص الكوادر المدربة في إدارة وتسريب الموارد المائية.
4- التغير المناخي: يتزايد التحدي مع التغيرات المناخية حيث تصبح الأحداث الجوية الطارئة أكثر شيوعًا وتتسبب في تقليل متوسط الهطول المائي وتؤثر على المخزون المائي في البلاد.
5- قلة التنسيق بين القطاعات: تتعدد الجهات المسئولة عن الإدارة المائية في مصر، ونتيجة لذلك يصعب التنسيق بينها، مما يؤثر على تنسيق السياسات والخطط والمشاريع المائية في البلاد.