تواجه معالجة البيانات الحسابية العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- حجم البيانات: تزداد كمية البيانات المتاحة باستمرار، ويصعب معالجةها بواسطة الأجهزة الحاسوبية التقليدية.
2- تنوع البيانات: تختلف البيانات التي يجب معالجتها بحسب المجال الذي تنتمي إليه، وتختلف الأساليب المتبعة لعملية معالجتها.
3- السرعة: يجب معالجة البيانات بسرعة عالية لتحليلها وتوفير النتائج في الوقت المناسب.
4- دقة البيانات: يجب التأكد من دقة البيانات المعالجة، حيث تتأثر النتائج بأي خطأ وارتفاع نسبة الخطأ يؤدي إلى نتائج غير دقيقة.
5- الأمان: يجب حماية البيانات من القرصنة أو التسريب، وهو أمر يتطلب اتخاذ إجراءات أمنية قوية وملائمة.