تواجه المستشفيات العديد من التحديات في إدارة عملياتها ، ومن أهم هذه التحديات :
1- النقص في الموارد المالية والبشرية.
2- عدم التمكن من تلبية الطلب المتزايد على الخدمات الصحية.
3- التكبر في البنية التحتية.
4- استخدام التكنولوجيا الحديثة والمعقدة المتطلبة لتحديث الأنظمة والتدريب.
5- التعامل مع تغييرات الأنظمة الصحية والتشريعات قد تؤدي إلى تغييرات في الإجراءات الإدارية والتشغيلية في المستشفى.
6- تطوير الجودة والسلامة في الرعاية الصحية وتطبيق ذلك على عمليات المستشفى ، والحد من الأخطاء الطبية وتحسين النتائج الطبية.
7- ضغوط التكلفة لزيادة التحملات المالية.
8- الحفاظ على المرضى والعاملين في المستشفى في بيئة آمنة ونظيفة.