تتضمن التحديات التي تأتي مع متابعة التعليم الذاتي:
1- الانغماس الذهني: قد يواجه الفرد صعوبة في البقاء متركزًا على المهمة ، حيث يمكن أن ينشر الهاتف النقال والبريد الإلكتروني ووسائل التواصل الاجتماعي المزيد من الملهيات الأخرى.
2- صعوبة في تنظيم الوقت: قد يحتاج الفرد الى تنظيم وقته بشكل جيد ليصل إلى أهدافه في المدة الزمنية المحددة.
3- الوصول إلى الموارد: قد يحتاج الفرد إلى موارد تعليمية ودروس في الإنترنت ليتمكن من دراسة المواد المحددة.
4- التشجيع الذاتي: من الصعب الحفاظ على الدافع الذاتي والإصرار على الدراسة دون معلم يحفزه ويشجعه على التحقق من مدى تقدمه.
5- قدرات التواصل: يمكن أن تؤثر عدم وجود مجموعة من الطلاب يمكن التحدث معهم من الآخرين على قدرة الفرد على التواصل والتعلم.