تحديات إدارة الموارد المائية العابرة للحدود تتضمن :
1- نقص الموارد المائية : قد يكون هناك نقص في الموارد المائية في البلدان المجاورة، وهذا يزيد من التنافس على الموارد المائية والضغوط السياسية.
2- تحديات التشريعات والسياسات : قد يكون هناك اختلافات في التشريعات والسياسات المتعلقة بإدارة الموارد المائية بين البلدان المجاورة، وهذا يؤدي إلى صعوبة في الإدارة المشتركة للموارد.
3- تغير المناخ : قد يؤدي تغير المناخ إلى تحولات في تدفق المياه والأمطار، وهذا يمكن أن يؤدي إلى تغيرات في الحاجة إلى الموارد المائية في البلدان المجاورة.
4- القضايا الاجتماعية : قد يكون هناك تنافس على الموارد المائية بين الفقراء والأغنياء، وهذا يؤدي إلى تصاعد التوترات الاجتماعية.
5- تحديات الإدارة والتنسيق : يتطلب إدارة الموارد المائية المشتركة تعاوناً كبيراً بين البلدان، وهذا يحتاج إلى تنسيق عالي المستوى وإدارة فعالة.