تواجه القارة الإفريقية العديد من التحديات البيئية التي تؤثر على حفظ الموارد المائية، ومن أهم هذه التحديات:
1- عدم توافر المياه النظيفة: حيث أن الكثير من الأشخاص في إفريقيا يعانون من نقص المياه النظيفة، والمياه المتاحة غالبًا ما تكون ملوثة بالجراثيم والفيروسات والكائنات الحية الدقيقة الأخرى.
2- التلوث البيئي: حيث يتم إلقاء النفايات والمواد السامة في الأنهار والبحار والبحيرات، مما يؤدي إلى تدهور جودة المياه ووفاة الحياة النباتية والحيوانية البحرية والنهرية.
3- الجفاف: حيث تعاني بعض المناطق في إفريقيا من نقص شديد في المياه، وهذا يؤثر على الحياة النباتية والحيوانية وعلى المجتمعات المحلية التي تعتمد بشكل كبير على المياه في حياتها اليومية.
4- تغير المناخ: حيث يؤثر تغير المناخ في إفريقيا على توزيع المياه وكميتها وجودتها، حيث تتسبب الفيضانات والجفاف والعواصف في تدمير البنية التحتية وتعرية التربة والفقر والهجرة.
5- التخصيب الزراعي: حيث يتم استخدام الأساليب الزراعية الجائرة مثل الري بالرشاشات والحراثة العميقة، وهذا يؤدي إلى تقليل حصص الرصد من الأراضي المزروعة وتدهور حالة المياه الجوفية وتلوث التربة والماء.