تختلف البرامج والأدوات المستخدمة في الهندسة الفلكية تبعاً للمجال الفلكي المحدد الذي يتم العمل عليه، ولكن بشكل عام، تشمل هذه البرامج والأدوات:
1. برامج تحليل البيانات الفلكية، مثل: IRAF، والذي يستخدم لتحليل الصور الفلكية.
2. برامج النمذجة والمحاكاة، مثل: Celestia، والذي يتيح للمستخدمين فهم حركة الأجسام الفلكية وتحركاتها في الفضاء.
3. برامج التصميم الهندسي، مثل: AutoCAD، والذي يستخدم في تصميم المراصد الفلكية والأجهزة البصرية الأخرى.
4. الأدوات المستخدمة في القياسات الفلكية، مثل: التلسكوبات والكاميرات الفلكية، والمسجلات الضوئية.
5. برامج الحسابات الفلكية، مثل: البرامج الحاسوبية المستخدمة في حسابات الحركة النجمية والمسافات الفلكية والتواريخ.
6. البرامج المستخدمة في تتبع الأجسام الفلكية المختلفة، مثل: برنامج المسح الفلكي للأجرام المحيطة بالأرض.