تختلف البرامج المستخدمة في الهندسة الصوتية حسب نوع العمل الذي يتم القيام به وحسب تفضيلات المهندس الصوتي. ومن بين البرامج الشائعة المستخدمة في الهندسة الصوتية:
1. برو تولز (Pro Tools): وهي أشهر برامج تسجيل الصوت وتحريره وتعديله، وتستخدم في العديد من استديوهات الهندسة الصوتية.
2. لوجيك برو (Logic Pro): وهي برمجة خاصة بجهاز ماك، تستخدم لتسجيل الصوت وتحريره وتلحين الأغاني.
3. أدوبي أوديشن (Adobe Audition): برنامج إنتاج الصوتيات مفتوح الكود، يستخدم في تحرير و معالجة الصوتيات
4. كيوبيز (Cubase): وهي برمجة خاصة بتسجيل الصوت وتحريره وتلحين الأغاني وتحرير المؤثرات الصوتية.
5. برولوجي (Prologue): يستخدم لتكوين وتوزيع الملفات الصوتية.
6. فروتي لوبس (Fruity Loops): يعتبر برنامج موسيقي وله أدوات تحرير صوتية.
7. واثق (Waves): وهو مجموعة من المكونات الإضافية تستخدم مع برامج تصنيف الصوت المختلفة لتحسين الصوتيات.