تتضمن الأدوات الحديثة المستخدمة في الكيمياء الفوق جزيئية:
1. مجهر القوة الذرية (AFM): وهو جهاز يستخدم لقياس الخصائص الفيزيائية للأسطح، مثل الطول والعرض والارتفاع والخشونة.
2. مطياف الرنين النووي الكهرومغناطيسي (NMR): وهو جهاز يستخدم لتحديد الهيكل الجزيئي للمركبات الكيميائية.
3. جهاز الأشعة السينية الانعكاسية (XRD): وهو جهاز يستخدم لتحديد ترتيب الذرات داخل البلورات.
4. جهاز الأشعة السينية المفتوحة (O-XRD): وهو جهاز يستخدم لتحليل الهيكل الكيميائي للجزيئات الكبيرة والمعقدة.
5. جهاز الروابط الجزيئية (MALDI): وهو جهاز يستخدم لتحليل الأحماض النووية والبروتينات والببتيدات والسكريات.
6. البلورية السائلة (LC): وهي تقنية تستخدم لتحليل العينات الأساسية.
7. الإلكتروسبراي (ESI): وهو جهاز يستخدم لإنشاء شحنات كهربائية في الجزيئات الكيميائية لتحليل الهيكل الجزيئي.