تعاني الروايات المسيحية العربية من العديد من الإشكاليات، منها:
1- عدم وجود نظام موحد للتسمية والتعريفات: فقد تم استخدام أسماء مختلفة للشخصيات والأماكن والأحداث في الروايات المختلفة، مما يؤدي إلى الخلط والتباس لدى القراء.
2- عدم وجود مؤرخين مسيحيين عرب: فقد نتج عن ذلك استناد الروايات إلى مصادر غير مسيحية، ما قد يؤثر على موضوعية الرواية وصدقيتها.
3- الكثير من الروايات لم تنجو من الإضطهاد: فقد تم تدمير العديد من هذه الروايات خلال الحملات التي شنتها السلطات العربية المسلمة لإزالة كل ما يتعلق بالمسيحية.
4- وجود اختلافات في الترجمات: فقد ترجمت بعض الروايات إلى اللغة العربية بعدة طرق مختلفة، مما أدى إلى تغيير في المعاني والتفاصيل.
5- الإشكالات النحوية واللغوية: فالعديد من الروايات القديمة كتبت باللغة السريانية أو القبطية، ما قد يصعب فهم بعض الجمل والعبارات لدى القراء العرب.