البروتينات الثانوية هي أحد الهياكل الثلاثية للبروتين والتي تتكون من الطيات المختلفة التي تظهر في البروتين. من الأنواع المختلفة للبروتينات الثانوية:
1- الهليكس الأفقي (alpha-helix): وهي لفائف على شكل حلزوني يتشكل بسبب تداخل الروابط الهيدروجينية في السلسلة البولي ببتيدية للجزيء.
2- الورقة البيتا (beta-sheet): وهي شكل مسطح يتكون من سلاسل متتالية تربطها روابط هيدروجينية بين رزمتين من الأحماض الأمينية.
3- الهليكس الأفقي- الورقة البيتا (alpha-beta-helix): وهي العديد من اللفائف الهيدروليكية التي ترتبط بسلاسل بيتا لتشكل هيكل متعدد الأشكال.
4- العروات الدوارة (pi-helix): وهي لفائف بمحور حلزوني شبيه بالهليكس الأفقي لكن بترتيب مختلف.