تستخدم الهندسة الإلكترونية العديد من الأنظمة التشغيلية المختلفة والتي تعتمد على نوع الجهاز والتطبيق المستخدم. ومن أهم هذه الأنظمة:
1- نظام التشغيل Windows: يستخدم على نطاق واسع في مجال الهندسة الإلكترونية ويوفر العديد من البرامج المختصة بتصميم الدوائر الإلكترونية ومحاكاتها.
2- نظام التشغيل Linux: يستخدم في مجال الهندسة الإلكترونية نظرًا لقدرته على التعامل مع الأنظمة الإلكترونية المعقدة ويتميز بالأداء العالي والأمان العالي.
3- نظام التشغيل macOS: يستخدم في تصميم الدوائر الإلكترونية والبرمجة ويوفر العديد من البرامج الخاصة بذلك.
4- نظام التشغيل Android: يستخدم في تصميم الأجهزة الذكية والتحكم في الأجهزة الإلكترونية.
5- نظام التشغيل iOS: يستخدم في تصميم الأجهزة الذكية والتحكم في الأجهزة الإلكترونية.