الأمراض المزمنة للجهاز الهضمي تشمل:
1- التهاب القولون التقرحي.
2- التهاب القولون الإسهالي.
3- متلازمة القولون العصبي.
4- القرحة المعدية.
5- التهاب المعدة والأمعاء الحاد والمزمن.
6- صفائح دموية صفائح دموية.
7- مرض الإلتهاب العضلي.
8- تليف الكبد.
9- متلازمة المقعد الهضمي.
وهناك العديد من الأمراض الأخرى التي يمكن أن تصيب الجهاز الهضمي.