توجد عدة أسباب فسيولوجية لمشكلات الجهاز الهضمي، ومنها:
1- عدم إتباع نظام غذائي صحي ومتوازن.
2- عدم شرب كمية كافية من الماء.
3- تناول أطعمة دسمة وغنية بالدهون.
4- تناول الطعام بسرعة دون مضغه جيداً.
5- الإصابة بالتهابات الجهاز الهضمي.
6- الإصابة بالأمراض المزمنة مثل القرحة المعوية والتهاب القولون العصبي.
7- الإصابة بحالات التوتر والقلق التي قد تؤثر على صحة الجهاز الهضمي.
8- تناول المضادات الحيوية بشكل زائد أو غير صحيح مما يؤدي إلى تغير التوازن البكتيري في الأمعاء.
9- تناول الأدوية المسكنة للألم بشكل مفرط قد يؤثر على صحة الجهاز الهضمي.
10- الإصابة بمشاكل هرمونية قد تؤثر على عمل الجهاز الهضمي.