هناك العديد من الأسباب التي يمكن أن تتسبب في فشل اتفاقيات التجارة الحرة، ومن أبرزها:
1- الخلافات السياسية والاقتصادية بين الدول الأعضاء في الاتفاقية.
2- عدم توفر الظروف الداخلية المناسبة في الدول الأعضاء لتطبيق الاتفاقية.
3- عدم توافق الدول الأعضاء على بعض القضايا الحساسة المتعلقة بالتجارة والاستثمار.
4- تداعيات الأزمات الاقتصادية العالمية والاضطرابات السياسية والأمنية.
5- الضغوط الداخلية والخارجية التي تمارسها مجموعات اقتصادية وصناعية ونقابية للحفاظ على مصالحها.
6- عدم توافق الاتفاقية مع بعض الاتفاقيات الدولية الأخرى المتعلقة بالتجارة والاستثمار.
7- الخلافات القانونية والتشريعية بين الدول الأعضاء في الاتفاقية.