استخدم ابن قيم الجوزية في بدائع التفسير الجامع العديد من الأساليب والطرائق الفكرية، بما في ذلك:
1- الإسناد القوي والكثير للأحاديث النبوية والأقوال السلفية.
2- الاعتماد على القرآن الكريم والأحاديث النبوية في تفسير الآيات والمفردات القرآنية.
3- استخدام التأويل والتدبر في الآيات القرآنية، واعتماد الشرح العقلي واللغوي.
4- التركيز على معاني الكلمات وجذورها واختلاف اللغات.
5- التركيز على السياق العام للقرآن الكريم والآيات المترابطة.
6- الانتباه إلى ظاهرة الإعجاز القرآني في التفسير وتبيان ما يراد منه.
7- التأكيد على النظرة الإسلامية في التفسير واستخدام المنهج الشرعي في تأويل القرآن الكريم.