يتميز تفسير القرآن الكريم بأنه يتمحور حول الأساس الفلسفي الذي ينص على أن القرآن هو كلام الله المنزل على النبي محمد، وأنه يحوي على عِلمٍ وحِكمٍ وأسرارٍ لا يمكن للإنسان الوصول إليها بدون توجيه وتفسير الله سبحانه وتعالى.
ويعتبر الأساس الفلسفي لتفسير القرآن الكريم العقيدة الإسلامية بأن القرآن هو كلام الله الحق المتنزل على النبي محمد، وأنه يحوي على الحقائق الإلهية والإنسانية والثقافية والقيم الأخلاقية والإجتماعية، بالإضافة إلى أسس العقيدة الإسلامية.
و يتميز تفسير القرآن الكريم بأنه يتبع منهجين أساسين في التفسير، وهما: التفسير بالتفسير (تفسير الآية بالآية) و التفسير بالمجموع (الإنصاف والإعتدال بين مختلف الآيات والأحكام الشرعية).
ويقوم التفسير بعدة مراحل، بدءاً من البحث عن توثيق الآيات القرآنية والتأكد من فهم الكلمات والمفردات والعبارات في سياقها الصحيح، ثم البحث عن الاستخلاصات الفقهية والتشريعية والمعرفية الموجودة في الآية، مع توجهات العقل والمنطق في البحث والتفسير.
ويتطلب التفسير معرفة عميقة في اللغة العربية وفهم دقيق للمصطلحات الإسلامية المستخدمة، بالإضافة إلى الإلمام بالحديث النبوي وسيرة النبي محمد، وتوظيف التقنيات الحديثة والمعاصرة في التفسير.