تشمل الأدوات والتقنيات المستخدمة في هندسة العمليات الحيوية:
1- تقنيات التحكم في العمليات: وتشمل مراقبة المعلمات الحيوية في الزمن الحقيقي والتحكم في العمليات عن بعد باستخدام أنظمة التحكم الآلي.
2- الأدوات الميكانيكية والكهربائية: وتستخدم لصنع وصيانة المعدات اللازمة للعمليات الحيوية مثل الخزانات، الحاويات، الخلاطات والمضخات.
3- تقنيات التحليل الحيوي: وتستخدم لفهم العمليات الحيوية وتحليلها، مثل تقنيات الكروماتوغرافيا والكتلة الطيفية.
4- تقنيات التصوير: وتستخدم لمتابعة العمليات الحيوية على مستوى الخلية وتحركاتها مثل التصوير بالأشعة تحت الحمراء والتصوير المجهري.
5- تقنيات الغشاء: وتستخدم لتنقية وتركيز المواد الحيوية وتشمل تقنية الفصل بالغشاء والنانوفلتر.
6- التقنيات الحيوية: وتستخدم لإنتاج المواد الحيوية المرغوبة، مثل تقنيات الإنتاج عن طريق الخلايا وإنتاج البروتينات العادية والمعدلة وراثيا.