يتكون نظام التحكم في الماكينات المستخدمة في الطباعة ثلاثية الأبعاد من مجموعة من الأدوات المختلفة، ومن أبرز هذه الأدوات:
1- لوحة التحكم: وهي واجهة تحكم رئيسية بين المستخدم والجهاز، حيث يتم من خلالها تحديد خصائص الطباعة والانتقال بين المهام المختلفة.
2- حساسات الحركة: وهي أجهزة تقوم بقياس الحركة والموقع والتحكم بالمحركات والمؤشرات.
3- البرامج المختلفة: وهي عبارة عن برامج تحكم تستخدم لتحديد ملفات التصميم وإنشاء النماذج ثلاثية الأبعاد.
4- المحركات والأجهزة الكهربائية: وتعمل هذه المحركات على تحريك الفأس وتوجيه الطابعة ثلاثية الأبعاد حسب التصميمات المحددة.
5- لوحة البداية والنهاية: وهي عبارة عن مواقع محددة للطابعة ثلاثية الأبعاد، حيث تتم إرشادات الطابعة لتبدأ وتنتهي العملية من خلال هذا الموقع.