هناك العديد من الأدوات لتحليل هندسة البروتينات، ومنها:
1- تقنية الأشعة السينية لتحديد تركيب البروتينات ذات الجزيئات الكبيرة.
2- تقنية الرنين المغناطيسي النووي (NMR) لتحديد تركيب البروتينات الصغيرة.
3- تقنية الكروماتوغرافيا الصناعية لفصل وتنقية البروتينات.
4- تقنية الكريستاللوغرافيا لتحديد هيكل البروتينات وتكوين بلورات.
5- تقنية الطيف الكتلي، التي تساعد في تحديد الوزن الجزيئي وتحديد التراكيب الجزيئية.
6- التحليل الطيفي للرجفان الدقيق (Cryo-EM) للحصول على صور ثلاثية الأبعاد للبروتينات.