تشمل الأدوات الحديثة في هندسة الأنهار وإدارة مواردها:
1- نظم المعلومات الجغرافية (GIS): وهي تقنية تستخدم لجمع وتحليل وتحويل البيانات الجغرافية، وتساعد في إدارة الموارد المائية وتحديد مواقع المشاريع المائية.
2- نمذجة الأنهار: وهي تقنية تستخدم لتحليل وتصميم الأنهار وتقييم الآثار البيئية والاجتماعية للمشاريع المائية.
3- أنظمة الإرساء الأوتوماتيكية: وهي أنظمة تستخدم لقياس المياه ومراقبة التدفقات والحركة في الأنهار.
4- التحليل الاقتصادي والبيئي: وهي تقنية تستخدم لتقييم تكلفة وفوائد المشاريع المائية وتحديد الآثار الاقتصادية والبيئية.
5- تحليل السوائل الحرارية: وهي تقنية تستخدم لتحديد درجة حرارة المياه والتأثيرات الحرارية على النظام البيئي.
6- نظام المراقبة الجوية: وهي تقنية تستخدم لرصد الطقس والتغيرات المناخية وتقدير الأمطار والتساقط الثلجي وتحديد الحالات الجوية الطارئة.