توجد العديد من الأحوال التي تؤثر على موارد المياه في الأنظمة البيئية المائية، ومنها:
1- التغيرات المناخية: تسبب الظروف المناخية المتغيرة، في زيادة التبخر وتقليل كميات الأمطار، مما يؤدي إلى نقص في موارد المياه.
2- التلوث البيئي: نشاطات الإنسان المختلفة تسبب التلوث البيئي للكثير من المصادر المائية كالصناعة، الزراعة، الصرف الصحي، والتي تؤثر على نوعية المياه وهوى الحياة البحرية.
3- عائدات المياه: يتأثر عائدات المياه بعدة عوامل مثل الحوض المائي الذي ينتمي إليه، ومعدل نزول الأمطار، وإستخدام المحطات المائية لإنتاج الكهرباء وغيرها.
4- الإستخدامات البشرية: تعد إستخدامات المياه البشرية من أهم العوامل المؤثرة على موارد المياه، وتشمل الري الزراعي، إنتاج الكهرباء المائية والأشغال الجانبية الأخرى.
5- التدفقات الطبيعية: تتأثر المياه بتدفقات الأنهر والينابيع المختلفة وتقليلها أو توجيهها عكسيًا، وأيضًا تغير نوعها أو تزيد من كميتها إذا ما حدثت ظروف تغير المناخ.