تشمل الأجهزة الرئيسية المستخدمة في جميع نواحي الكيمياء الفوق جزيئية ما يلي:
1. طيف الأشعة تحت الحمراء (FTIR): يستخدم في تحليل التركيب الجزيئي للمركبات الكيميائية وتحديد الروابط الكيميائية والمجموعات الوظيفية.
2. الأشعة السينية (XRD): يستخدم في تحديد تركيب البلورات وتحليل البلورات الكيميائية المركبة.
3. الطيف النووي المغناطيسي للرنين المغناطيسي (NMR): يستخدم في تحديد تركيب الجزيئات العضوية والمركبات الكيميائية الأخرى والتعرف على الروابط الكيميائية.
4. الكروماتوغرافيا الغازية (GC): يستخدم في فصل وتحليل المركبات الكيميائية العضوية.
5. الكروماتوغرافيا السائلة عالية الأداء (HPLC): يستخدم في فصل وتحليل المركبات العضوية والمعادن.
6. الكروماتوغرافيا الطبقية الرقيقة (TLC): يستخدم في فصل وتحليل المركبات العضوية والمعادن.
7. الكروماتوغرافيا الانتقائية (SC): يستخدم في فصل وتحليل المركبات الكيميائية المعقدة والمتنوعة.
8. المجهر الإلكتروني (EM): يستخدم في دراسة تركيب الجزيئات والخلايا عن طريق رصد الأشعة الكهرونية.
9. المجهر الضوئي (OM): يستخدم في دراسة تركيب الجزيئات والخلايا عن طريق الضوء المرئي.
10. الطيف الكهرومغناطيسي (EMS): يستخدم في دراسة تركيب الجزيئات والخلايا عن طريق تحريض الجزيئات بالتيار الكهربائي.