تتضمن الآليات الفسيولوجية للعلاج النفسي الوجودي:
1- التركيز على التنفس: يستخدم العلاج النفسي الوجودي تمارين التنفس العميق لتحسين دورة الهواء في الجسم وإعادة التوازن للجهاز العصبي الذي يساعد في تخفيف التوتر والقلق.
2- الاسترخاء العضلي التدريجي: يهدف هذا النوع من العلاج إلى تعليم المريض كيفية الاسترخاء وتخفيف التوتر والقلق من خلال تحديد الجزء العضلي الذي يتعرض للتوتر والتوجه إليه بعد ذلك بالتدريج.
3- العلاج بالتحفيز العصبي الكهربائي: يستخدم هذا النوع من العلاج تدفقات كهربائية لتحسين الدورة الدموية وإعادة التوازن للجهاز العصبي.
4- العلاج بالتحفيز المغناطيسي الحثي: يستخدم هذا النوع من العلاج المغناطيس لتحفيز الأجزاء العصبية المسؤولة عن التوازن العاطفي والنفسي.
5- الاستشعار الذاتي: يتضمن هذا النوع من العلاج تعليم المريض كيفية الاستماع لجسده ومشاعره وتحسين حس الذات والتحكم في الردود العاطفية.