تشمل الآليات الفسيولوجية المتحكمة في العلاج النفسي والإرشاد عدة عوامل، منها:
1- نظام الهرمونات: يوجد العديد من الهرمونات المتحكمة في الحالة النفسية للفرد، مثل الكورتيزول الذي يرتبط بالتوتر والقلق والاكتئاب، والأدرينالين والنورأدرينالين اللذين يرتبطان بالمزاج والقلق.
2- الجهاز العصبي: يتحكم في جميع أجهزة الجسم، ويعمل على تنظيم العمليات الفسيولوجية مثل النوم والاستيقاظ، ويمكن استخدام التدريب الذهني وأساليب الاسترخاء للتحكم في هذا الجهاز وتحسين الصحة النفسية.
3- المخ: يحدث التواصل بين الأعضاء المختلفة من خلال الهرمونات والجهاز العصبي، ويمكن استخدام العلاج النفسي والإرشاد لتعزيز نشاط أجزاء المخ المسؤولة عن الانتباه والتركيز والذاكرة.
4- نظام المناعة: يعمل على حماية الجسم من الأمراض والعدوى، وتم إثبات أن العلاج النفسي والإرشاد يمكن أن يحسن من الوظائف المناعية للجسم وبالتالي تحسين الحالة النفسية.