تتضمن بعض الآثار البيئية السلبية للرحلات الاستكشافية:
1- تلويث الهواء: تطلق النقل الجوي العديد من الغازات الملوثة والجسيمات الصغيرة الخطرة في الهواء، والتي يمكن أن تساهم في الكثير من المشاكل الصحية والبيئية.
2- التلوث المائي: تعد النقل البحري والنهري عاملًا رئيسيًا في التلوث المائي، حيث ينتج عنها تسربات النفط والمياه العادمة والإنسانية.
3- الأثر على التنوع البيولوجي: تؤدي الرحلات الاستكشافية إلى خلق بصمة إنسانية في المناطق التي تم إستكشافها، مما يسهم في خسارة التنوع البيولوجي لتلك المنطقة.
4- الإتلاف البيئي: يمكن أن يؤدي الزحف البشري والتداول بمركبات النقل، وأنشطة الرحلات الاستكشافية إلى الإتلاف المادي للتضاريس، والغابات والحدائق الوطنية، والمحميات الطبيعية الأخرى.
5- الأثر البصري: قد يتمتع السياح بمناظر طبيعية جميلة خلال جولاتهم الاستكشافية، ومع ذلك، فقد يؤدي هذا البصمة البشرية إلى تشويه المناظر الطبيعية والمشاهد الطبيعية الأخرى.