يمكن أن يحدث الانتقال إلى الزراعة المستدامة آثار اقتصادية إيجابية وسلبية. إيجابياتها من شأنها تحسين الموارد الطبيعية وتعزيز صحة النباتات والحيوانات وبالتالي تقليل التكاليف المرتبطة بالمكافحة الحيوية والتسميد والري ، كما تساعد على تحسين جودة المنتجات الزراعية و زيادة الإنتاج. ومع ذلك فإن العملية تستلزم زيادة تكلفة المحاصيل الزراعية وزيادة كمية العمليات التي يجب القيام بها لتحقيق الزراعة المستدامة، مما يتطلب تدريب الفلاحين والعمال الزراعيين على التقنيات الحديثة والمعرفة الجيدة للتربة والتكيف مع النظم الحيوية في المزرعة , وهو ما ربما يزيد من التكاليف التشغيلية. ومع تعزيز الزراعة الحيوية في الشركات الكبيرة وتوفير المنافسة المتزايدة ، قد يواجه المزارعون المحليون وضغوط تنافسية في السوق مع تراجع الدعم الحكومي. وليس لديهم دائمًا القدرة الكافية لتوسيع أعمالهم بسبب التقيود بسبب نقص الموارد ، و عدم الحصول على تمويل كافي.
