هناك عدة استراتيجيات للحفاظ على المصادر المائية المتنقلة في الأنظمة البيئية المائية، منها:
1- حماية المناطق الرطبة والأحياء البرية والأنهار والبحيرات والمسطحات المائية الأخرى، وتطوير برامج الإدارة للمحافظة على تلك المواقع التي يتوافد عليها المسافرون المائيون.
2- إدارة الاستخدام الأرضي لمناطق الزراعة والصناعة والتجارة والتنمية الحضرية والتنمية الاقتصادية على نحو يحد من تأثير الأنشطة البشرية على المصادر المائية المتنقلة، ويحسِّن استخدام تلك الموارد.
3- تحسين معرفة المجتمعات بشأن أهمية المصادر المائية المتنقلة وأهمية الحفاظ عليها وتطور استراتيجيات للحفاظ عليها.
4- تطوير برامج لتقييم جودة المياه والتأكد من مطابقتها للمعايير الصحية والبيئية، والتأكد من عدم تلويثها من قبل الأنشطة البشرية المختلفة.
5- إقامة شراكة بين القطاع الخاص والحكومة والمجتمع المدني لتطوير وتنفيذ تلك البرامج والاستراتيجيات بفاعلية.
6- إنشاء مراكز توثيق بيئة المصادر المائية المتنقلة ومراقبتها لتتبع ومراقبة حركة المياه في الأنهار والبحيرات والموائل المائية الأخرى، وتحديد أماكن التلوث ومعالجتها.
7- تشجيع الأنشطة الاقتصادية المعتمدة على الموارد المائية المتنقلة ذات الصلة بنظام الحفاظ على المصادر المائية المتنقلة، مثل السياحة والصيد السياحي والزراعة النباتية المعتمدة على تقنيات الري الحديثة.