توجد عدة إشكاليات وتحديات تواجه الإشراف على رسائل الماجستير، ومن أهم هذه التحديات:
1- إشراك المشرفين في المشروع الذي يتابعونه، وتحديد مهام كل مشرف ودوره في البرنامج.
2- ضمان تعاون الطالب مع المشرفين فيما يخص البحث والتوجيه اللازم لإكمال رسالة الماجستير بنجاح.
3- الحصول على المصادر والأدوات اللازمة لإنجاز البحث العلمي اللازم لإكمال رسالة الماجستير.
4- لمطابقة مستوى ومتطلبات الجودة التي يتطلبها العمل في مجال البحث وإخراج مشروع علمي جيد.
5- تحمل المشرفين لتكلفة الأدوات المطلوبة والشبكة اللازمة لمتابعة وتوجيه الطلاب.
6- ضمان صحة ودقة البيانات والنظام الإحصائي المستخدم لتحليلها.
7- احتمالية اختلاف أو فجوة في الأنماط الإدارية والتخصصات بين بلدان الطلاب والمشرفين، ما يصعب تحقيق المتطلبات المطلوبة.