تحتوي الترجمة الذاتية على عدة عيوب من بينها:
1- قد تحتوي الترجمة على أخطاء لغوية ونحوية: وهي العيوب الأكثر شيوعاً في الترجمة الذاتية، حيث أن غالبية الناس لا يجيدون لغات أجنبية بطلاقة ولا يمتلكون المعرفة الكافية في مجالات مختلفة، مما يؤدي إلى وجود أخطاء في الترجمة.
2- قد تفتقر الترجمة الذاتية إلى التفاصيل الصغيرة: حيث إن الترجمة الذاتية لا تستطيع إظهار المعنى الحقيقي للنص الأصلي ولا تستطيع ترجمة بعض التفاصيل الصغيرة التي يتم تأويلها عن طريق ترجمة محترفة.
3- قد تفتقر الترجمة الذاتية إلى الإبداعية: حيث أن الترجمة الذاتية غالباً ما تترجم النص الأصلي حرفياً دون أي إبداع في الترجمة، و هذا قد يؤدي إلى فقدان بعض الرونق التعبيري في اللغة المستهدفة.
4- قد تفقد الترجمة الذاتية التعبير المناسب: حيث إن الترجمة الذاتية لا تستطيع ترجمة عبارات وتعابير تحمل معاني مختلفة في اللغات المختلفة، وهذا يؤدي إلى فقدان بعض المعاني المهمة في الترجمة.