يواجه الإدارة الاقتصادية في العصر الرقمي العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- تحويل التكنولوجيا الرقمية إلى ميزة تنافسية: فإدارة استخدام التقنيات الرقمية بالشكل الصحيح يمكن أن تزيد من الإنتاجية وتسريع العمليات وتخفيض التكاليف، ويجب على الإدارة الإقتصادية تحليل المخاطر والفرص لتطوير وتطبيق هذه التقنيات بشكل فعال.
2- إدارة البيانات: يجب على الإدارة الإقتصادية إدارة كمية البيانات الكبيرة المتولدة اليوم وتحويلها إلى معلومات تفيد في صنع القرارات.
3- الأمن السيبراني: يتطلب العصر الرقمي إدارة متطورة للأمن السيبراني لتأكد من حماية البيانات والحفاظ على الأمن الجماعي.
4- التحكم في التباين الرقمي: تزداد فجوة التباين في الإقتصاد الرقمي مع تزايد عدد العمليات الإلكترونية التي تتم، وآثار ذلك تأثيرا سلبيا على الفرص المتاحة للأفراد.
5- إنشاء جيل من العاملين المتمرسين في التقنيات الرقمية: تزايدت الحاجة لإدارة الإقتصاد الرقمي إلى جيل من العاملين الملمين بذلك المجال والقادرين على التعلم والتكيف مع التطور السريع في هذا المجال.