تشمل أهم المشاكل التي يواجهها قطاع الإدارة الصحية العامة ما يلي:
1- قلة التمويل والموارد الإدارية: حيث يعاني العديد من الأقسام الصحية العامة من نقص في الموارد المالية والبشرية والبنية التحتية والتكنولوجية اللازمة لتقديم الرعاية الصحية الكاملة للمرضى.
2- عدم توفير الخدمات الصحية المناسبة للجميع: يواجه العديد من المجتمعات المحرومة صعوبة في الحصول على الرعاية الصحية اللازمة بسبب عدم توفر المرافق الصحية وشبكة الخدمات العامة في مناطقهم.
3- ضعف البنية التحتية الصحية: وتشمل ذلك قلة الأدوات والمعدات الطبية والأدوية والزيوت الأساسية و الطرق وشبكات المياه والصرف الصحي.
4- القوانين والسياسات السيئة: يؤدي قانون وسياسة سيئة إلى عدم توفير الرعاية الصحية اللازمة للمرضى أو عدم توفير فرص العمل المناسبة للموظفين الصحيين.
5- نقص الكوادر الصحية: يعاني العديد من بلدان العالم من نقص الكوادر الصحية المؤهلة والمدربة والمتخصصة في الإدارة الصحية العامة.